Zatímco ve skutečnosti trvalo celých dvacet let, než se stařičká akční klasika dočkala svého remake, v samotné hře uplynulo roků jen deset a hrdina Nathan Spencer, kdysi tajný vládní agent se speciální bionickou rukou, se po zákeřné zradě z vlastních řad ocitl ve vězení. Jeho popravu však zhatil útok teroristické organizace Biorain, proti níž bezmocná vláda Nathana vybavila novou speciální rukou a slíbila očistit jeho jméno, pokud zamezí dalším detonacím experimentálních zbraní.

Hlavní hrdina hry Bionic Commando má schopnost vystřelovat hák, díky kterému se může nejen snadněji pohybovat v úrovních, ale také sestřelovat protivníky nebo si pohrávat s různými předměty. Hra je zasazena především do městského prostředí rozbořeného Ascension City. 

• Hlavní hrdina disponuje bionickou rukou kterou se dokáže přichytit na jakýkoli materiál vyjma radioaktivní hmoty, takže se díky ní může houpat jako na laně nebo na dálku manipulovat s předměty.
• Propracovaná fyzika a velké možnosti interakce s okolím.
• Městské prostředí i podzemní tunely a bažina, které je možné přejít několika trasami.
• Hlavního hrdinu Nathana Spencera namluvil Mike Patton, kdysi zpěvák z Faith No More.